kneelの過去形・過去分詞

まず、I kneltまでで「私はひざまずいた」と訳せますね。
そして、in the churchはもちろん「協会で」です。

まずJohn kneltまでで「ジョンはひざまずいた」となりますね。
to pray…は不定詞の副詞的用法で＜目的＞を表して「祈るためにひざまずいた」となります。
もしくは＜結果＞と考えて、「ひざまずいて祈った」としてもいいですね。
ここでは結果の用法で訳します。

まず、She should have knelt downですが、should+完了形となっているので、「〜すべきだった」となります。
knelt downは「ひざまずいた」と訳して大丈夫です。downは体が下に落ちている様子を表しています。特に訳す必要はありません。
at that timeは「その時」です。
(3) She should have knelt down at that time.
「彼女はそのとき、ひざまずくべきだった。」